La Secretaría General (SG) del Consejo de Rectoras y Rectores está encargada de la administración de este organismo público.
Entre sus principales ámbitos de trabajo, destacan los siguientes:
- Ejecutar los acuerdos de las autoridades del Consejo de Rectores
- Liderar proyectos que promocionen el cumplimiento del rol del Consejo de Rectores
- Elaborar estudios y su difusión
- Articular iniciativas de colaboración y desarrollo entre las universidades que integran el Consejo
- Coordinarse con entidades públicas del ámbito de Educación Superior
- Construir redes a nivel internacional