Las comisiones asesoras permanentes tienen como propósito asesorar al Consejo de Rectoras y Rectores en materias específicas de interés para las actividades universitarias y para los fines del Consejo.
Las comisiones están integradas por representantes de las 30 universidades del CRUCH, nombrados/as por los rectores y rectora. Además, cada comisión está liderada por un rector o rectora.
La Secretaría General, además de coordinar las comisiones, es el nexo entre las mismas y el pleno del Consejo.