Comité Ejecutivo
Asume las funciones de dirección del Consejo y el vínculo entre el Consejo de Rectores y las instituciones del sector público, especialmente con el Ministerio de Educación. Supervisa la planificación de proyectos propios del Consejo y el desarrollo de las respectivas sesiones.
A cargo de un rector titular e integrado por un rector vicepresidente alterno, un rector representante del Consorcio de Universidades Estatales, un rector de la Asociación de Universidades Regionales y tres rectores elegidos por el Pleno del Consejo.
Integrantes:

Comité de Desarrollo Estratégico
Tiene la misión de abordar los temas de futuro que afectan la educación superior, junto con delinear y apoyar el desarrollo del Plan Estratégico y coordinar las acciones en el ámbito parlamentario.
Integrantes:

Comité de Ciencia Tecnología e Innovación
Mantiene una organización en comisiones específicas de trabajo, para abordar los diversos desafíos, como la Comisión de Ciencia, Tecnología e Innovación y la Comisión de Postgrado.
Integrantes:

Comité de Financiamiento y Política Universitaria
Le corresponde revisar los actuales mecanismos de financiamiento, su adecuación y proponer mecanismos de financiamiento para las universidades chilenas en el marco de un desempeño eficaz y eficiente, con criterios de equidad y cautelando su sustentabilidad.
El Comité de Financiamiento coordina la Comisión Económica, integrada por los Vicerrectores Económicos y la Comisión de Administradores de los Fondos Solidarios de Crédito Universitario.
Integrantes:

Comité de Relaciones Internacionales
Asume aquellas funciones que permiten fortalecer  los vínculos con universidades u organismos internacionales, la coordinación de trabajo con los organismos públicos relacionados con las relaciones exteriores y la promoción de la inserción del Consejo de Rectores en las redes internacionales de educación superior.
Integrantes:

Consejo Directivo para las Pruebas de Selección Universitaria y Actividades de Admisión
Le corresponde velar por el desarrollo y gestión del sistema de selección y admisión, en especial la PSU^®.  Cuenta para su gestión, con el apoyo del Comité Técnico Asesor y la Comisión Coordinadora de Admisión.
Está integrado por:

Comité de Docencia
Promueve la reflexión sobre la innovación académica y curricular en las universidades, junto  al desarrollo de  relaciones entre facultades, centros y programas de las diversas universidades miembros en las áreas académicas y de investigación. Identifica  oportunidades en áreas innovadoras y de formulación de proyectos asociativos entre universidades del Consejo, como el Sistema de Créditos Académicos Transferibles (SCT) y programas de movilidad.

Le corresponde abordar recomendaciones para la calidad de la educación, especialmente en relación a la formación inicial y continua de profesores.

Representación en entidades
El Consejo de Rectores tiene una permanente y relevante participación en diversas actividades tendientes a asegurar una excelencia en el quehacer científico y cultural del país, a través de sus propios Rectores o de académicos designados expresamente para que, asumiendo su representación, participen ante comisiones o entidades que, de acuerdo a disposiciones legales, deben contar con su participación en ellas.

Adicionalmente, el Consejo de Rectores designa todos los años a sus representantes para integrar los Jurados que discernirán los “Premios Nacionales” con que el Gobierno de Chile, bianualmente, distingue a las figuras más destacadas del quehacer nacional.

* Editorial Jurídica de Chile
* Comisión Técnica de Invalidez
* Consejo Nacional del Libro y la Lectura
* Consejo de Calificación Cinematográfica
* Comisión Chilena de Energía Nuclear
* Convención para la Conservación de los Recursos Vivos Marinos Antárticos (CCRVMA)
* Consejo Consultivo Nacional de la Comisión Nacional del Medio Ambiente (CONAMA)
* Comisión Nacional de Estadísticas
* Comité Nacional del Codex Alimentarius
* Comité Metro-Arte
* Comisión Asesora Presidencial Agencia Chilena del Espacio
* Consejo Nacional de Licitaciones de Defensa Penal Pública
* Comité Consultivo del Sistema Nacional de Acreditación del Instituto Nacional de Normalización
* Consejo Nacional de la Cultura y las Artes
* Comisión Nacional de Acuicultura
* Comisión Asesora de Actualización del Reglamento Sanitario de los Alimentos
* Consejo de Administración del Fondo Concursable Destinado al Financiamiento de Iniciativas de las Asociaciones de Consumidores
* Comité de Clasificación de Especies Silvestres
* Consejo Asesor “Chile Potencia Agro-Alimentaria”
* Consejo Nacional de Innovación para la Competitividad
* Comité Calificador de Donaciones Privadas
* Comisión Administradora del Sistema de Créditos para Estudios Superiores

Estructura Organizacional - Comités Permanentes de Rectores